Die Arbeitswochen / Projektwochen dienen der vertieften Auseinandersetzung mit einem oder mehreren Themen. Die Arbeit wird in aller Regel fächerübergreifend gestaltet und kann sich auf den besuchten Lebens- und Kulturraum beziehen. Zwei Lehrpersonen leiten die Arbeits- bzw. Projektwochen, wobei die SchülerInnen sowohl in die Themenfindung als auch in die Vorbereitung möglichst einbezogen werden. Dabei kommt der selbstständigen Arbeit besondere Bedeutung zu.

Die Projektwochen der FMS finden im ersten Semester der 2. Klasse statt. Im Gymnasium gibt es zwei Arbeitswochen, die in der 4. bzw. der 5. Klasse stattfinden.